Dilahirkan di Huntsville, Alabama, ayahanda Wales (kini bersara) ialah seorang pengurus kedai runcit. Ibundanya, Doris, dan neneknya, Erma, menjalani sebuah sekolah swasta yang kecil "dalam tradisi sekolah satu bilik". Wales belajar di sekolah itu. Oleh sebab terdapatnya cuma empat kanak-kanak dalam grednya, sekolah itu mengumpulkan kanak-kanak menjadi dua kelas, iaitu Gred 1-4 dan Gred 5-8.

Sebuah rencana majalah Time 2005 salah melaporkan bahawa Wales belajar di rumah. Sebenarnya beliau tidak, tetapi Wales memperhatikan bahawa persekolahannya "dalam satu erti, serupa sahaja" kerana ibunda dan neneknya merupakan guru-guru sekolah rendahnya. Murid-murid mempunyai kebebasan yang amat luas untuk membelajari apa-apa yang mereka suka; falsafah pendidikan sekolah itu amat dipengaruhi oleh kaedah Montessori. Wales menghabiskan banyak masa untuk membaca Ensiklopedia Buku Dunia (World Book) pada waktu itu.

Selepas gred kelapan, Wales pergi ke Sekolah Randolph yang merupakan sekolah persediaan untuk pendidikan kolej. Sekolah itu juga merupakan pengamal awal bagi makmal-makmal komputer dan teknologi lain untuk kegunaan pelajar secara langsung. Walaupun tanggungan sekolah persediaan itu adalah mahal untuk keluarganya, Wales melaporkan bahawa keluarganya mempercayai bahawa pendidikan adalah amat penting: "Pendidikan sentiasa merupakan keghairahan di dalam isi rumah saya... yang kamu tahu, pendekatan tradisional terhadap pengetahuan dan pembelajaran, serta pemantapannya sebagai pangkal untuk hidup yang bahagia."

Wales menerima ijazah sarjana mudanya daripada Universiti Auburn dan ijazah sarjananya daripada Universiti Alabama. Kemudian, beliau menyertai program-program kewangan untuk ijazah kedoktoran di Universiti Alabama dan Universiti Indiana, Bloomington. Wales memberikan kuliah di kedua-dua universiti itu sewaktu belajar untuk ijazah kedoktorannya, tetapi beliau tidak menulis tesis yang diperlukan untuk ijazah tersebut.

Wales kemudian menjadi peniaga saham kontrak hadapan dan opsyen di Chicago. Dalam tempoh beberapa tahun, beliau memperoleh pendapatan yang mencukupi untuk "menyara diri serta isterinya untuk seumur hidup."

Pada tahun 1996, Wales mengasaskan portal gelintar yang digelarkan Bomis. Bomis juga menjual gambar-gambar foto erotik sehingga pertengahan tahun 2005. Disebabkan bekas jawatannya di Bomis, Wales ditanya tentang penglibatannya dengan apa yang digelarkan "gambar-gambar kotor" oleh penemu bual, Brian Lamb, dalam temu bual C-SPAN, sebuah rangkaian televisyen kabel, pada September 2005. Sebagai jawapan, Wales memerikan Bomis sebagai "enjin gelintar berorientasi lelaki". Dalam temu bual dengan Majalah Wired, Wales juga menerangkan bahawa beliau mempertikaikan kategorian kandungan Bomis sebagai "pornografi ringan": "Jika filem kadaran R ialah porn, [gambar-gambar Bomis] ialah porn. Dengan kata yang lain, bukan, ia bukan." Wales tidak lagi terlibat dalam syarikat itu secara aktif."

Pada Mac 2000, Wales memulakan Nupedia.com, sebuah ensiklopedia kandungan terbuka serta penilaian setara, dan menggajikan Larry Sanger sebagai ketua penyuntingnya. Semasa Wales memegang jawatan Ketua Pegawai Eksekutif, Bomis menderma melebihi AS$100,000 (terutamanya, melalui gaji dan pembekalan capaian Internet) kepada Nupedia dan Wikipedia. Sokongan itu berterusan sehingga tahun 2002.